为便于控制埃博拉病毒进一步传播，疑似病例或确诊病例应当隔离防护；对医护人员采取严格埃博拉防护措施，对患者的分泌物、排泄物和使用过的物品要彻底消毒。埃博拉病毒疫情扩散大都是因为医院环境，糟糕的公共卫生、缺乏负压病房都对医护人员造成极大威胁。
埃博拉病毒患者隔离观察期为自与病例最后一次接触起到第21天为止，未经灭活的感染性材料的操作应在三级生物实验防护等级内进行。埃博拉出血热病例相关样本的运输包装要采用生物安全A类包装。
进行气管切开、气管插管、吸痰等操作的医务人员，进行尸体解剖的人员，搬运患者或尸体人员，实验室离心操作人员，进行大量血液、体液、排泄物、分泌物或污染物品操作的医务人员和清洁消毒人员，属于高风险，除中风险穿戴的埃博拉防护装备外，应加全面型防毒面具或动力送风呼吸器。
发热门诊医生接诊埃博拉病例时穿医用防护服、防化靴套、一次性工作帽和医用口罩，并戴乳胶手套，洗手并用手消毒剂。该病例确诊后这名医生应属于未采取有效防护措施接触埃博拉出血热病例，存在感染风险，应作为密切接触者进行管理。
埃博拉防护应重视手卫生工作：用手消毒液进行手部消毒，应喷洒或涂抹均匀，并作用1分钟时间；可戴橡胶手套防护手部，在触摸污染物后应对手套进行消毒，作用时间1分钟；洗手应使用流动水，水龙头应采用感应式或脚踏式开关，尽量使用皂液，防止肥皂表现的污染。
医务人员或疾控人员一旦出现意外沾染埃博拉病例体液或其他污染物后，应采取的补救措施：皮肤用清水或肥皂水彻底清洗；皮肤用0.5%碘伏消毒液或75%酒精洗必泰擦拭消毒后彻底清洗；粘膜应用大量清水冲洗或0.05%碘伏冲洗。
运输埃博拉出血热病例的血液标本时，接触外层包装的工作人员，可以不穿戴二级防护装别，采用低危一般防护。擦拭消毒法中，擦拭消毒有效率浓度选用2000mg/L。埃博拉病毒在60℃，1小时大部分灭活，紫外线、γ射线、甲醛、次氯酸、酚类消毒剂和脂类溶剂均可灭活病毒。
当怀疑病人感染埃博拉病毒时，应当立即向最近的卫生机构报告，及时就医对于提高患者的生存率至关重要。同时应立即启动埃博拉病毒感染控制程序，以控制疾病传播。严重病人需要进行强化的支持性治疗，目前埃博拉病毒并没有特异性的治疗方法。
